Hauptaufgabe der technischen Chemie in der Industrie ist die Trennung von Stoffen. Die Verfahren sind praktisch ausgereift und werden in großem Maßstab eingesetzt. Jedes dieser Verfahren ist in Prinzip dafür geeignet, auch radioaktive Stoffe zu trennen, Radioaktivität ist eine untergeordnete Problematik, so das jedes dieser Verfahren auch eingesetzt werden kann.

Die Radioaktivität wirkt auf zweierlei Weise, indem sie komplexe chemische Verbindungen aufspalten kann und indem sie hohe Wärmeleistungen erzeugen kann. Dies erhöht die Komplexizität und die Kosten heute im Einsatz befindlicher Aufarbeitungsanlagen, die ursprünglich nur zum Ziel der militärischen Plutoniumproduktion entwickelt wurden, wo die Kosten von untergeordneter Bedeutung waren. Aufgrund der Wärmeproduktion und Aufspaltung von Chemikalien durch Radioaktivität bietet es sich an, physikalisch-chemische Trennverfahren zu verwenden und so die Wärmeproduktion der Spaltprodukte gleich mitzunutzen.

Ein solches Verfahren ist für das Brennstoffsalz die fraktionierte Destillation/Rektifikation, welches keine Hilfschemikalien benötigt. Dies kann man sich vorstellen wie eine Ölraffinerie: Auf der einen Seite fließt das Rohöl hinein, auf der anderen der Destillationskolonne fließen die aufgetrennten Bestandteile heraus. Oder eben wie eine Schnapsbrennerei: Maische rein, Ethanol raus. Für den Brennstoff des DFR genügt eine nur auf Salze spezialisierte und daher weniger komplexe Kompaktanlage, denn eine vorherige Reformierung wie bei Rohöl ist nicht erforderlich. Dies ist die pyrochemische Prozesseinheit, oder „Pyrochemical Processing Unit” PPU. Eine vergleichbare Anlage wurde bereits für die Fluorsalze des Molten-Salt Reactor Experiment MSRE am Oak Ridge National Laboratory in den 1960er Jahren verwendet.